Der Deutsche Wachtelhund kommt hauptsächlich in zwei Farbschlägen vor, nämlich Braun und Braunschimmel, die innerhalb der Rasse weitgehend getrennt gezüchtet werden (d.h. Mischpaarungen müssen genehmigt werden)

Allerdings wurden nach dem Krieg, als nur noch wenig Zuchtmaterial vorhanden war, vermehrt Mischpaarungen durchgeführt, so dass heute eigentlich keine "rein braunen" Linien mehr vorhanden sind, bei den Braunschimmeln ist es ähnlich, da diesen über ausmendelnde Braunschecken immer Blut der braunen Linien zugeführt wurde. So ist es auch heute nicht mehr zutreffend, wie R.Friess es noch beschrieben hatte, dass die beiden Farbschläge unterschiedliche Arbeitseigenschaften hätten, sondern auch diese haben sich vermischt.

Nachdem das Hunde-Genom immer weiter erforscht wird, wurden auch einzelne Gene für die Farbvererbung identifiziert. Dabei stellte sich heraus, dass C.C.Little u.a. "Altmeister" mit vielen Vermutungen richtig lagen, jedoch nicht in allen Fällen.